نددت الرابطة التونسية للدفاع عن حقوق الإنسان، بعملية إغتيال المهندس محمد الزواري، يوم 15 ديسمبر 2016، أمام منزله بأحد أحياء صفاقس، معتبرة أن "دلائل كثيرة تؤكد وقوف جهاز الموساد الصهيوني وراء هذا الإغتيال باعتبار انتساب الشهيد لأحد فصائل المقاومة الفلسطينية"، وفق ما جاء في بيان الرابطة التي قالت إن "ملاحقة الفقيد داخل التراب الوطني، هو انتهاك صارخ للسيادة الوطنية واستهانة بالقانون الدولي وهو ما يحمل السلطات التونسية مسؤولية الكشف عن منفذيها وعمن يقف وراءها كما يطرح عليها واجب بذل كل الجهود لتقديم الجناة للعدالة الوطنية أو الدولية".
كما اعتبرت الرابطة أن "وجود مراسلين لقناة تلفزية صهيونية لتغطية جوانب من الإغتيال هو وجه آخر لاستباحة التراب الوطني". ودعت في هذا الصدد إلى "الإسراع بفتح تحقيق جدي لتحديد المسؤوليات وبنشره للرأي العام".
وذكرت رابطة الدفاع عن حقوق الإنسان في ختام بيانها، بموقفها المبدئي "المساند للشعب الفلسطيني، في نضاله من أجل تحرير أرضه وتقرير مصيره، بمختلف الوسائل المشروعة".